Die Giglachseen befinden sich im Gemeindegebiet von Schladming und sind in das gleichnamige Tal zwischen dem Schiedeckkamm im Norden und dem Tauernhauptkamm im Süden eingebettet. Umgebende Gipfel schließen die Steirische (2459 m) und Lungauer Kalkspitze (2471 m) im Westen, die Kampspitze (2390 m) im Norden sowie die Znachspitze (2225 m), Hading (2332 m) und Freying (2131 m) im Süden ein. Der Untere Giglachsee liegt auf einer Höhe von 1921 m und erstreckt sich wie ein Fjord über eine Länge von etwa 1 km in südwest-nordöstlicher Richtung, bedeckt eine Fläche von rund 16,5 Hektar. Der Obere Giglachsee, der mit einer Fläche von etwa 3,5 Hektar deutlich kleiner ist, liegt auf einer Höhe von 1930 m in der Nähe des Preuneggsattels.